Процедура институциональной и специализированной аккредитации разработана агентством в соответствии с европейскими и международными стандартами, которая включает в себя следующие этапы:

1-й этап

• представление организацией образования заявки на аккредитацию в Агентство с краткой характеристикой деятельности вуза и копиями генеральной лицензии и лицензиями по образовательным программам;
• подписание договора о проведении аккредитации между IQAA и организацией образования. В договоре указываются права и обязанности сторон, стоимость процедуры, сроки проведения аккредитации, включая этапы проведения. В случае с государственными вузами, возможно, подписание договора только после проведения процедуры государственных закупок на электронном портале;
• назначение координатора, предварительное посещение вуза, если Агентство незнакомо с ним; проведение обучающих семинаров для рабочих групп вуза по подготовке отчета по самооценке и проведению процедуры аккредитации;
• проведение учебным заведением процедуры самооценки, составление отчета о самооценке в соответствии со стандартами и критериями IQAA;
• представление первого варианта отчета о самооценке и проведение технической экспертизы. Результаты экспертизы направляются в вуз, при необходимости отчет по самооценке дорабатывается вузом;
• представление окончательного отчета о самооценке и его приложений в Агентство;
• предварительный аудит при проведении институциональной аккредитации.

2-й этап

• IQAA формирует компетентную группу экспертов (аудиторов), в состав которой входят представители учебных заведений Казахстана, работодатель, студент и международный эксперт; группа формируется параллельно во время проведения экспертизы отчета по самооценке;
• Агентство информирует вуз о составе группы по внешнему аудиту. При возникновении у вуза подозрения в конфликте интересов у кого-либо из аудиторов, вуз имеет право обратиться в Агентство для замены эксперта (аудитора), прилагая письменное мотивированное объяснение;
• координатор направляет материалы самооценки и методологическое обеспечение за несколько недель членам экспертной группы для подготовки к внешнему аудиту;
• координатор проводит предварительный вебинар для экспертной группы в целях обучения экспертов и обсуждения организационных вопросов аудита, а перед началом визита в вузе - брифинг;
• внешний аудит в вуз (3 дня для институциональной аккредитации, 2 дня на один кластер образовательных программ для специализированной аккредитации). Внешний аудит проводится с целью оценки достоверности информации, представленной в отчете по самооценке, фактическому состоянию дел в организации образования;
• экспертная группа формирует отчет о внешней оценке (с указанием замечаний, рекомендаций по улучшению, положительной практики), который направляется координатору;
• координатор IQAA направляет в организацию образования полученный отчет экспертной группы по оценке деятельности вуза для устранения фактологических неточностей, если они имеются;
• При необходимости, вузам доступна процедура жалоб;

3-й этап

• на основании отчета по самооценке и отчета по внешнему аудиту, координатор Агентства готовит заключение, которое согласовывает с экспертным советом, и презентацию для Аккредитационного Совета;
• проведение заседания Аккредитационного Совета IQAA и принятие решения по аккредитации вуза/образовательной программы. Аккредитационный Совет самостоятельно принимает решения на основе отчета по самооценке и отчета по внешнему аудиту, презентации и заключения. Однако, с учетом мнений членов Аккредитационного совета, дополнительной информации о конкретной программе и доказательной базы по вузу оценка может быть изменена.
• информирование вуза и членов экспертной группы, проводившей внешний аудит, о принятом решении по аккредитации;
• при необходимости, вузам доступна процедура апелляции;
• публикация отчета о внешнем аудите, презентации и результатов аккредитации на сайте Агентства. Включение аккредитованного вуза/образовательной программы в реестр IQAA на сайте во вкладках «Реестр аккредитованных вузов» и «Реестр аккредитованных образовательных программ»;
• направление информации в МОН РК для включения аккредитованного вуза/образовательной программы в соответствующий Национальный реестр;
• осуществление Агентством постаккредитационного мониторинга.