Институционалдық және мамандандырылған аккредиттеу рәсімі еуропалық және халықаралық стандарттарға сәйкес агенттікпен әзірленген және келесі кезеңдерден тұрады:

1-ші кезең

• білім беру ұйымының аккредиттеу туралы өтінішті жоо қызметінің қысқаша сипаттамасын, бас лицензиясын және білім беру бағдарламаларының лицензиялары көшірмелерімен бірге беруі;
• IQAA және білім беру ұйымының арасындағы аккредиттеуді өткізу туралы келісім-шартқа қолдың қойылуы. Келісім-шартта жақтардың құқықтары және міндеттері, рәсімнің құны, аккредиттеуді өткізу мерзімі көрсетіледі. Мемлекеттік жоғары оқу орындарымен келісім-шартқа қол қою рәсімі тек электронды порталда мемлекеттік сатып алу рәсімі өткізілген соң жүргізіледі;
• үйлестірушіні тағайындау, егер Агенттік бұл жоғары оқу орнымен бірінші рет жұмыс істесе, алдын ала жоғары оқу орнына барады;
• өзін-өзі бағалау есебін әзірлеу және аккредиттеу рәсімін өткізу туралы жоғары оқу орнының жұмыстық тобына арналған оқыту семинарларын өткізу;
• оқу орнының өзін-өзі бағалау рәсімін жүргізуі, IQAA стандарттарына және критерийлеріне сәйкес өзін-өзі бағалау туралы есепті әзірлеуі;
• өзін-өзі бағалау есебінің алғашқы нұсқасын ұсыну және IQAA техникалық сараптаманы өткізуі. Сараптама нәтижесі жоғары оқу орнына жіберіледі, қажет болған жағдайда өзін-өзі бағалау есебі жоғары оқу орнымен жетілдіріледі;
• есептің соңғы нұсқасын және қосымшаларын Агенттікке жіберу;
• институционалдық аккредиттеуді өткізу барысындағы аудит.

2-ші кезең

• IQAA құрамына Қазақстанның оқу орындарының өкілдері, жұмыс беруші, студент және халықаралық сарапшы кіретін білікті сарапшылар (аудиторлар) тобын құрайды; топ өзін-өзі бағалау есебін сараптау барысында құрылады;
• Агенттік жоғары оқу орнын сыртқы аудит тобының құрамы туралы хабар береді. Егер жоғары оқу орнында топтың құрамындағы біреудің мүдделер қайшылығына күмәні туса, ол жазбаша түрде дәлелді түсініктемемен бірге сарапшыны (аудиторды) алмастыру туралы өтініш беруге құқылы;
• үйлестіруші өзін-өзі бағалау материалдарын және әдістемелік жасақтаманы бірнеше апта ішінде сыртқы аудитке дайындалу мақсатында сарапшылар тобына жібереді;
• үйлестіруші сарапшыларды оқыту және аудиттің ұйымдастырушылық сұрақтарын шешу мақсатында алдын ала вебинар өткізеді, ал жоғары оқу орнына барар алдында брифинг өткізеді;
• сыртқы аудит (институционалдық аккредиттеу үшін 3 күн, мамандандырылған аккредиттеу үшін білім беру бағдарламасының 1 кластеріне 2 күн). Сыртқы аудит өзін-өзі бағалау есебіндегі келтірілген ақпараттың шынайылығын тексеру, білім беру ұйымындағы жағдайдың нақты күйін бағалау мақсатында жүргізіледі;
• сарапшылар тобы сыртқы аудит туралы есеп (ескертуларді, ұсыныстарды, жағымды тәжірибені көрсете отырып) әзірлейді және үйлестірушіге жібереді;
• IQAA үйлестірушісі сарапшылар тобынан алған жоо қызметін бағалау туралы ақпаратты фактологиялық қателіктерді болдыртпау мақсатында білім беру ұйымына жібереді;
• қажет болған жағдайда, жоғары оқу орындарына шағым беру рәсімі қол жетімді.

3-ші кезең

• өзін-өзі бағалау есебіне және сыртқы аудит есебіне негізделе, Агенттік үйлестірушісі, Сараптамалық кеңеспен келісе, Аккредиттеу кеңесіне қорытындыны және баяндаманы (презентацияны) әзірлейді;
• IQAA Аккредиттеу кеңесінің мәжілісін өткізу және жоғары оқу орнын/білім беру бағдарламасын аккредиттеу бойынша шешім қабылдау. Аккредиттеу кеңесі өзін-өзі бағалау есебі, сыртқы аудит есебі, қорытынды және баяндама негізінде дербес шешім қабылдайды. Алайда, Аккредиттеу кеңесі мүшелерінің пікірлерін ескере, нақты бағдарлама туралы қосымша ақпарат және жоо бойынша дәлелді база болған жағдайда бағалау нәтижесі өзгеруі мүмкін;
• жоғары оқу орнын және сыртқы аудитті жүргізген сарапшылар тобын аккредиттеу бойынша қабылданған шешім туралы хабарлау;
• сыртқы аудит есебін, баяндаманы және аккредиттеу нәтижесін Агенттік сайтында жариялау. Аккредиттелген жоғары оқу орнын/білім беру бағдарламасын сайттың «Аккредиттелген ЖОО тізімі», «Аккредиттелген бағдарламалар тізімі» беттеріндегі IQAA тізіліміне қосу;
• аккредиттелген жоо/білім беру бағдарламасын сәйкес Ұлттық тізілімге қосу үшін ҚР БҒМ ақпаратты жіберу;
• Агенттіктің аккредиттеуден кейінгі жоғары оқу орнының мониторингін жүзеге асыруы.